Kekritisan terhadap kaum penjajah Belanda saat itu membuatnya ia harus bolak-balik keluar masuk penjara.
Tercatat, tahun 1924 ia masuk penjara di Ambarawa, Jawa Tengah gegara tulisan dan pergerakannya melawan kolonial Belanda.
Ia dituding telah melawan pemerintah dan menghasut rakyat.
Berikutnya, tahun 1926 ia kembali ditangkap karena dituduh melakukan perlawanan bersama PKI dan ia harus dibuang ke Boven Digoel Papua hingga tahun 1933.
Usai bebas dari Papua, ia kembali ke Yogyakarta kemudian merantau ke Singapura.
Disana (Singapura) lagi lagi ia ditangkap pemerintah kolonial Inggris dengan sangkaan melakukan gerakan bawah tanah melawan penjajah dan dipenjara selama satu tahun 1936-1937.
Berikutnya ia diusir dari Singapura kembali ke Indonesia dan dikirim ke penjara Sel Gang Tengah atau dikenal dengan Salemba dan menjalani hukuman selama 1 tahun.
Bagi Sayuti Melik berkali kali masuk penjara tak membuatnya kapok atau jera untuk tetap membuat tulisan berisi kritikan terhadap penguasa.