Baca Juga: 'Tribute' untuk Lionel Messi, Namanya Masuk Daftar 10 Pemain Termuda di Sejarah Piala Dunia
Pada 2017-2018, Yudo Margono menjabat sebagai Panglima Komando Lintas Laut Militer (Kolinlamil).
Selanjutnya, pada 2018-2019, ia dipercaya mengemban amanah sebagai Panglima Komando Armada I di wilayah laut Indonesia bagian barat.
Pada tahun 2018, saat berkarier di sana, Yudo Margono bersama tim yang dipimpinnya berhasil menemukan kotak hitam Lion Air yang jatuh di perairan Karawang, Provinsi Jawa Barat.
Ketika menjabat sebagai Panglima Komando Gabungan Wilayah Pertahanan (Pangkogabwilhan) I pada 2020, Yudo Margono berhasil meredam ketegangan di wilayah Natuna, Kepulauan Riau, akibat pelanggaran yang dilakukan kapal nelayan China.
Pada 2020, Yudo Margono menjabat sebagai orang nomor satu di TNI Angkatan Laut, yakni Kepala Staf Angkatan Laut (Kasal) menggantikan Laksamana TNI Siwi Sukma Adji yang memasuki masa pensiun.
Sewaktu Indonesia dilanda pandemi Covid-19 pada 2020, Yudo Margono terlibat aktif dalam penanganan Covid-19, terutama saat pemulangan warga negara Indonesia (WNI) dari China ke tanah air dan pembangunan rumah sakit darurat untuk pasien Covid-19 di Pulau Galang dan Wisma Atlet.
Empat program untuk wujudkan visi
Ketika menjalani uji kelayakan dan kepatutan di hadapan Komisi I DPR RI, Laksamana Yudo Margono memaparkan visinya sebagai Panglima TNI.