Pada 13 Juni 2019, Lee Chong mengumumkan pengunduran dirinya setelah berjuang untuk kembali ke kebugaran penuh setelah diagnosis kanker hidung.
Dia ditunjuk sebagai chef de mission Malaysia untuk Olimpiade Musim Panas 2020.
Akan tetapi saat itu Lee Chong melewatkan Olimpiade tersebut karena masalah kesehatannya.