Bendera tersebut dikibarkan pada Proklamasi Kemerdekaan Bangsa Indonesia tanggal 17 Agustus 1945 di Jalan Pegangsaan Timur 56 (kini Jalan Proklamasi), Jakarta oleh Latief Hendraningrat dan Suhud.
Pada tanggal 4 Januari 1946, Presiden, Wakil Presiden, dan para Menteri pindah ke Yogyakarta karena keamanan para pemimpin Republik Indonesia tidak terjamin di Jakarta.
Bersamaan dengan perpindahan tersebut, Bendera Pusaka turut dibawa dan dikibarkan di Gedung Agung.
Ketika Yogyakarta jatuh ke tangan Belanda tanggal 19 Desember 1948, bendera pusaka sempat diselamatkan oleh Presiden Soekarno dan dipercayakan kepada ajudan Presiden yang bernama Husein Mutahar untuk menyelamatkan bendera itu.
Baca Juga: Inilah Cara Melihat Khodam Pendamping Diri Sendiri, Gampang Sekali dan Tanpa Ritual
Husein Mutahar mengungsi dengan membawa bendera tersebut untuk alasan keamanan dari penyitaan Belanda.
Kemudian Husein Mutahar melepaskan benang jahitan bendera sehingga bagian merah dan putihnya terpisah.
Selanjutnya Husen Mutahar membawanya dalam dua tas terpisah.
Pertengahan Juni 1949 ketika berada dalam pengasingan di Bangka, Presiden Soekarno meminta kembali bendera pusaka kepada Husein Mutahar.
Baca Juga: Inilah Ciri-Ciri Orang yang Akan Dijadikan Tumbal Pesugihan, Salah Satunya Linglung