Karier militer
Setelah lulus dari AAL, Yudo Margono mengawali kariernya di kapal perang sebagai Asisten Perwira Divisi (Aspadiv) Senjata Artileri Rudal di KRI YNS 332.
Ia juga sempat menjabat sebagai Kepala Departemen Operasi (Kadep Ops) KRI Ki Hajar Dewantara 364.
Setelah itu, Yudo Margono dipercaya menjadi komandan, antara lain:
- Komandan KRI Pandrong 801
- Komandan KRI Sutanto 877
- Komandan KRI Ahmad Yani 351
- Komandan Lanal Tual
- Komandan Lanal Sorong
- Komandan Satkat Koarmatim.
Pada 2017-2018, Yudo Margono menjabat sebagai Panglima Komando Lintas Laut Militer (Kolinlamil).
Selanjutnya, pada 2018-2019, ia dipercaya mengemban amanah sebagai Panglima Komando Armada I yang menduduki wilayah laut Indonesia bagian barat.
Pada tahun 2018, saat berkarier di sana, Yudo Margono bersama tim yang dipimpinnya berhasil menemukan kotak hitam Lion Air yang jatuh di perairan Karawang, Provinsi Jawa Barat.